3、采用同源模建和分子动力学模拟方法探讨二价金属离子Mg2+和Mn2+,对牛痘相关激酶(VRKs)家族三个成员(VRK1,VRK2和VRK3)的结构稳定性和动态行为的影响,模拟结果证实活性位点处Mg2+的结合有助于稳定VRK1和VRK2的结构,Mn2+稳定VRK2的结构,而无论有无金属离子的结合,假激酶VRK3的结构都非常稳定。 4、分别考察了AM1(Austin Method, selleckversion1)-BCC(Bond Charge Correction), MNDO(Modified Neglect of Diatomic Differential Overlay), PM5(Parameterisation Model, version5), MUL(MuIliken), CM2(Charge Model2), CM3(Charg查找更多e Model3), RESP (Restrained Electrostatic Potential)和QM/MM(Quantum Mechanics/Molecular Mechanics)这八种不同电荷模型,对MM/PBSA方法计算蛋白质与配体结合自由能准确性的影响。三个测试体系的计算结果显示MNDO电荷比较适合于PKB(Protein Kinaseselleck化学药品液面控制 B)体系,QM/MM电荷比较适合于CDK2(Cyclin-Dependent Kinases2)体系,而所考察的八种电荷模型对结构差异很大的配体绑定到不同蛋白质的复合物体系预测效果不佳。 由以上结果可知,αⅡbβ3整合素中Ala252残基与配体的结合能力有关；疏水作用和氢键作用在Aurora A与配体结合中发挥重要作用；金属离子对VRKs家族三个成员的结构稳定性发挥不同的作用；电荷模型是影响MM/PBSA方法计算准确性的一个重要因素。