此外,我们还通过加强采样的自由能计算(ABF)表征了crizotinib从野生型及突变型ALK中的解离路径。研究表明,G1202R和S1206Y会阻碍crizotinib与ALK中结合通道的结合,因而导致crizotinib的结合通路耐药性。对于ROS1体系,我们使用了更为先进的加强采样自由能算法(funnel-based metselleck化学药品adynamics和absolute binding free energy calculation based on umbrella sampling)表征了crizotinib对ROS1激酶结合/解离过程的二维势能面。发现与野生型ROS1激酶相比,G2032R突变体中P-loop区域的开口幅度更大,或其直接导致crizotinib在突变型ROS1结合口袋中的保留时间(residence time)显著下降,因而导致强烈的耐药性。最后,我们分析了遗传病相关的靶标突变对小分子结合的影响,并提出了化学药物治疗遗传病的治疗策略。其原理在于“获得功能性”或“丧失功能性”遗传病的治疗可以通过使用其对应靶点的拮抗剂点击此处(antagonist)或激动剂(agonist)来抑制或激活其功能。然而,这种化学疗法必须满足一个前提,即这些“获得功能性”或“丧失功能性”的靶标突变并不会对化学药物的结合产生不良影响。因此我们利用分子对接和MM/GBSA自由能重打分的方法评测了已知成功药物靶标的遗传病相关突变位点对上市药物结合能力的影响。研究发现,在多数情况下这些疾病相关突变位点并不会对药物的结合产生不良影响。